פרופסור בחוג לפילוסופיה יהודית ותלמוד ובתוכנית לתואר שני במדעי הדתות באוניברסיטת תל אביב. כמו כן מיוזמי תוכנית אופקים להכשרת סטודנטים מצטיינים להוראת היהדות כתרבות בבתי הספר התיכוניים הממלכתיים ועומד בראשה בעשור האחרון. נוסף על אלו, מרגולין הוא עמית מחקר בכיר במכון שלום הרטמן בירושלים ומשמש יו"ר ועדת המקצוע תרבות יהודית־ישראלית במשרד החינוך. לפני כן שימש מנהל שותף של התוכנית להתחדשות הוראת מקצועות היהדות בבתי הספר התיכוניים הממלכתיים של מכון הרטמן (לימים תוכנית בארי). מחקריו עוסקים במחשבת החסידות וההגות היהודית המודרנית, תהליכי חילון בחברה היהודית וחקר משווה של דתות.

בעל תואר שלישי בפילוסופיה יהודית מהאוניברסיטה העברית.